Il primo dogma in bioinformatica che ho imparato è:

"Un bioinformatico usa Linux"

e quindi è necessario saper usare e muoversi in questo sistema operativo.

I più ingenui (come lo ero io all'inizio) diranno: "Semplice, c'è un'interfaccia grafica e mi muovo con il mouse. Come Windows invece".

Ebbene sì, ma in realtà no, è più complicato di così. Quando vuoi usare Linux puoi sicuramente usare l'interfaccia grafica intuitiva che ogni OS offre ma il modo più appropriato, veloce e divertente per usare Linux è attraverso la Shell testuale, cioè un'interfaccia dove possiamo scrivere comandi per pilotare il computer per eseguire azioni.

Ti faccio un esempio pratico.

Supponiamo che tu sia sul desktop e desideri creare una nuova cartella chiamata "Foto". Ebbene, l'utente inesperto preme (anche per intuito) il tasto destro del mouse e compare un menu in cui trova la voce "Nuova cartella" e procede in questo modo. Ma c'è un modo più inclusivo per usare Linux. Basta fare clic con il tasto destro e aprire il terminale ("Apri nuovo terminale") e scrivere nella shell di testo il comando mkdir con l'argomento "Foto" e viene creata la nostra nuova cartella.

Al di là del divertimento di controllare direttamente il computer dal terminale, è necessario capire qual è il vero motivo per cui un data scientist o un bioinformatico utilizza spesso il terminale per il suo lavoro. La risposta è semplice. Molti strumenti bioinformatici che vengono utilizzati durante le analisi vengono eseguiti grazie all'utilizzo di comandi che vengono dati direttamente dal terminale. Ad esempio, se voglio allineare le letture ottenute sequenziando un genoma su un genoma di riferimento utilizzando lo strumento BWA, è necessario utilizzare una riga di comando come segue:

Lo strumento di bioinformatica BWA non dispone di un'interfaccia grafica e non può essere utilizzato con un semplice clic del mouse. Dobbiamo interagire con il computer attraverso il terminale e quindi dobbiamo saperlo usare nel migliore dei modi.

Purtroppo il lavoro mi chiama e non ho il tempo di fare un corso sui comandi base che devi conoscere per muoverti, orientarti e usare la Shell testuale ma come al solito ti lascio di seguito diverse fonti che ho anche usato studio e che possono aiutarti a comprendere questi concetti fondamentali per un bioinformatico.

In ogni caso, spero di avervi fatto capire, con questo breve post, come l'utilizzo del terminale e dei comandi tipici della Shell sia un'abilità fondamentale per lavorare nel fantastico mondo della bioinformatica e più in generale della data science.

Ciao e a presto.

Riferimenti:

Libri:

Videocorsi: