Bioinformaticamente

Un viaggio nel mondo della bioinformatica

Blog

PANDORA-seq - Nuovo metodo di sequenziamento dell'RNA per migliorare il rilevamento di piccoli RNA

PANDORA (Panoramic RNA Display by Overcoming RNA Modification Aborted Sequencing) è un nuovo metodo di sequenziamento dell'RNA sviluppato da scienziati dell'Università della California, Riverside (UCR) e pubblicato sulla rivista Nature Cell Biology in un documento intitolato "PANDORA-seq espande il repertorio di piccoli RNA regolatori superando le modifiche dell'RNA. " Pandora-seq utilizza un trattamento enzimatico combinatorio per rimuovere [...]

Come recuperare una o più sequenze biologiche?

Una delle operazioni più frequenti che faccio durante la giornata è la ricerca e il recupero di sequenze biologiche di interesse. Quindi penso che sia necessario parlarvi di come questo può essere fatto, soprattutto per i principianti, e quindi essere in grado di "giocare" con alcuni geni o proteine ​​recuperati. Lo ricordo […]

scGNN - Nuovo framework di rete neurale a grafo per analisi di RNA-Seq a cellula singola

I ricercatori dell'Università del Missouri e dell'Ohio State University hanno pubblicato due giorni fa un documento su Nature communication in cui affermano di aver creato un nuovo modo per analizzare i dati ottenuti dal sequenziamento dell'RNA di una singola cellula utilizzando l'apprendimento profondo. L'apprendimento profondo ha fatto passi da gigante negli ultimi anni e sta entrando sempre di più e [...]

Che cos'è un gene?

Sai ultimamente mi sono spesso seduto davanti al computer intento a scrivere qualcosa di più tecnico e quindi a presentarti analisi bioinformatiche più approfondite ma mi sono sempre trovato in difficoltà perché mi rendo conto che a volte per capire meglio un certo tipo di bioinformatica analisi è anche necessario conoscere [...]

SAM & BAM

Ciao! Come stai? Lo spero. Ho deciso di deliziarvi con un nuovo articolo che andrà dritto nella colonna “Files in bioinformatics”, in cui parlo dei tipi di file più comuni e importanti utilizzati dai bioinformatici. Infatti oggi parliamo del file SAM, o file Sequence Alignment Map, e di suo cugino BAM […]

Come indaga la bioinformatica?

Come ho già detto più volte qui sul blog, la bioinformatica ci permette di rispondere a domande e comprendere fenomeni biologici analizzando i dati ottenuti da prove sperimentali eseguite in laboratorio. Ma quali sono i metodi generali con cui la bioinformatica analizza i dati per ottenere la conoscenza desiderata? Ci sono due principali [...]

FASTQ lo fa meglio!

Ciao. Non scrivo sul blog da molto tempo. Sfortunatamente, ho circa sei mesi di fuoco. Tra la tesi e gli ultimi esami del master, infatti, trovare il tempo per studiare e portare materiale qui sul blog è diventato difficile. Ma non aver paura. Dopo luglio noi di Bioinformaticamente proverà a [...]

Caricamento in corso ...

Qualcosa è andato storto. Aggiorna la pagina e / o riprova.


Segui il mio blog

Ottieni nuovi contenuti, inviati direttamente alla tua casella di posta.

%d blogger come questo: