Bioinformaticamente

Un viaggio nel mondo della bioinformatica

Blog

SAM & BAM

Ciao. Come state? Spero bene. Ho deciso di deliziarvi con un nuovo articolo che andrà a finire dritto dritto nella rubrica “I file in bioinformatica”, in cui parlo dei tipi di file più comuni ed importanti usati dai bioinformatici. Infatti oggi si parla di file SAM, ovvero del Sequence Alignment Map file, e del suo […]

Come indaga la bioinformatica?

Come ho detto già più volte qui sul blog, la bioinformatica permette di rispondere a quesiti e di comprendere fenomeni biologici analizzando i dati ottenuti da prove sperimentali eseguite in laboratorio. Ma quali sono i metodi generali con i quali la bioinformatica analizza i dati al fine di raggiungere le conoscenze desiderate? Esistono due metodi […]

FASTQ does it better!

Ciao. È da tanto che non scrivo sul blog. Purtroppo mi spettano circa sei mesi di fuoco. Infatti tra la tesi e gli ultimi esami del corso magistrale trovare il tempo per studiare e portare del materiale qui sul blog è diventato difficile. Ma non abbiate timore. Dopo Luglio noi di “bioinformaticamente” cercheremo di portare […]

Biologia dei sistemi, Bioinformatica, Biologia computazionale…Facciamo chiarezza

Ciao. Come state? Oggi è davvero una bella giornata, da poco la neve si è sciolta e il sole tiepido è molto confortevole. Con un pò di musica come sottofondo non mi resta altro che scrivere. Un passatempo molto rilassante direi. Sapete, in questi giorni mi sto interrogando sulla differenza che c’è tra la biologia […]

Fasta and Furious 2 !

Eccoci qui, questo è il primo articolo del 2021. Spero che per tutti sia un anno migliore. Per quanto mi riguarda spero che in questo nuovo anno possa incrementare il numero di articoli su questo blog. Abbiamo diversi progetti in mente, aprire un canale YouTube, creare un podcast e molto altro, e chissà forse un […]

Facciamo il punto sull’assemblaggio

Negli articoli precedenti ho avuto modo di parlare di come partendo da una molecola di DNA o cDNA (ovvero RNA retrotrascritto, grazie all’enzima trascrittasi inversa, in DNA che per l’occasione prende il nome di cDNA) è possibile sequenziarla e dopo l’assemblaggio dei prodotti del sequenziamento è possibile ricostruire la sequenza dell’intero DNA o cDNA di […]

L’assemblaggio delle reads

Negli articoli precedenti ho avuto modo di parlare di alcune tecniche di sequenziamento e di come le reads ottenute da tale processo possono essere “pulite”, ma quale sarà il loro destino? Le reads pulite e filtrate possono essere usate per la ricostruzione dell’intera sequenza del DNA o cDNA che abbiamo deciso di sequenziare mediante un […]

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